Bohaterowie główni
• Ambroży Kleks (bohater główny i tytułowy) – profesor Akademii, posiadający niezywkłe umiejętności
• Adaś Niezgódka – 12-letni chłopiec, narrator powieści, jeden z najpilniejszych uczniów Akademii,
Bohaterowie drugoplanowi
• szpak Mateusz – książę zamieniony w ptaka, którego pan Kleks kupił na targu; uczony szpak ; umiał mówić, ale wymawiał tylko końcówki wyrazów, nie zwracając uwagi na ich początek, doskonale rozumiany przez pana Kleksa
• Alojzy Kukuryk – lalka skonstruowana przez golarza Filipa, niezwykle złośliwa; ożywiona przez pana Kleksa zachowywała się tak, jak człowiek: chodziła, mówiła, dokuczała chłopcom i nie była posłuszna profesorowi, ponieważ nie miała serca
Bohaterowie epizodyczni
• Anatol Kukuryk – uprzejmy, grzeczny chłopiec, przybył do Akademii razem z Alojzym
• golarz Filip – fryzjer pana Kleksa, zaopatrujący go w piegi, twórca Alojzego – mechanicznej lalki przyjętej na ucznia Akademii
• inni uczniowie Akademii – chłopcy, których imiona zaczynały się na literę „A” ; w Akademii było czterech Adamów, pięciu Aleksandrów, trzech Andrzejów, trzech Alfredów, sześciu Antonich, jeden Artur, jeden Albert i jeden Anastazy, czyli ogółem dwudziestu czterech uczniów,
Super